MBE hợp tác thường xuyên với các Trường, Cơ sở đào tạo, các cơ quan đơn vị thực hiện các chương trình đào tạo liên kết; biên soạn giáo trình, tài liệu giảng dạy cho tổ chức và cá nhân.
Một số chương trình tiêu biểu:
- Hợp tác với trường ĐH Kinh tế Quốc dân Hà Nội tổ chức đào tạo chương trình Giám đốc chuyên nghiệp
- Hợp tác với Trung tâm Tin học và Thống kê - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng khung chương trình đào tạo và biên soạn giáo trình đào tạo nghiệp vụ thống kê; tổ chức các lớp đào tạo bồi dưỡng nghiệp vụ thống kê cho cán bộ thống kê ngành NN&PTNT các cấp (TW, địa phương).
- Hợp tác với Trường đào tạo bồi dưỡng cán bộ - Liên minh HTX Việt Nam thực hiện biên soạn tài liệu và tổ chức các lớp đào tạo, bồi dưỡng cán bộ cho Liên minh HTX Việt Nam.